Năm 1347, Ioannes ca khúc khải hoàn tiến vào Constantinopolis với đội quân 1.000 người và buộc các đối thủ của ông phải chịu sự sắp đặt mà theo đó thì ông sẽ trở thành đồng hoàng đế với Ioannes V Palaiologos nhưng thực tế thì ông mới là người cầm quyền chính. Lễ mừng chiến thắng của hoàng đế trong cuộc nội chiến kéo dài sáu năm đã là chủ đề của bài thơ "Đại thắng của Ioannes Kantakouzenos" của nhà thơ Hy Lạp hiện đại Konstantinos Cavafy. Ít lâu sau ông cho lập con mình là Matthaios Kantakouzenos làm đồng hoàng đế vào năm 1353.

Đế quốc Đông La Mã vào lúc này đã bị suy yếu và lãnh thổ thì bị thu hẹp dần trong tình trạng tứ bề thọ địch. Rồi lại thất bại trong cuộc chiến tranh chống lại Genova và đặc biệt là thuộc địa của họ ở Galata, đối diện với Constantinopolis. Việc hoàng đế sau này tham gia vào cuộc chiến tranh Venezia-Genova năm 1350–1355 cũng chẳng mang lại kết quả rõ rệt gì, để rồi được kết thúc bằng một hiệp ước với Genova vào tháng 5 năm 1352. Thêm một cuộc chiến khác nổ ra chống lại người Serbia mà vào lúc đó đã lập nên một đế chế rộng lớn trên các vùng biên giới tây bắc và có một liên minh mạo hiểm với người Thổ Ottoman, vốn định cư lần đầu tiên ở châu Âu, tại Gallipoli ở Thracia vào cuối thời Ioannes VI Kantakouzenos. Năm 1349, hoàng đế phái một đội tàu chiến lớn gồm 9 chiếc được đóng mới và khoảng 100 tàu nhỏ tới sát phạt Genova nhưng đã bị chiếm giữ toàn bộ. Sau đó vào năm 1351, ông còn gửi 12 tàu chiến tới giúp Venezia chống lại Genova nhưng đã bị đánh cho tan tành khiến sức mạnh hải quân của đế chế dần dần tan rã.

Kantakouzenos đã quá sẵn sàng để kêu gọi sự trợ giúp của nước ngoài trong những lần tranh chấp châu Âu của mình và khi ông không có đủ tiền để trả cho họ, thì có cớ cho họ sẵn sàng chiếm giữ một thị trấn châu Âu. Gánh nặng tài chính do ông áp đặt từ lâu đã làm phật lòng các thần dân của mình và một phe cánh hùng hậu đã luôn luôn ủng hộ Ioannes V Palaiologos. Do đó khi về sau bước chân vô Constantinopolis vào cuối năm 1354 thì Ioannes V Palaiologos mới thành công một cách dễ dàng như vậy.